幻想郷から帰って一年、霊夢の痕跡や幻想郷に至る道を探す秘封倶楽部の二人の前に傷付いた魔理沙が現われる。 「幻想郷を救って欲しい」 その言葉に応え、蓮子とメリーが再び幻想郷の地へ訪れる。