ある日博麗神社を訪れた魔理沙。散った桜の掃除を手伝わされる事になった彼女は、神社の納屋の奥に見たことのない扉を見つける。 霊夢に聞くと、どうやら歴代の巫女が残した文書等を保管する部屋らしい。入ってみたくなる魔理沙だが、その日は霊夢に止められてしまうのだった。 次の日、霊夢と待ち合わせをした魔理沙だったが、霊夢は一向に姿を現さなかった。魔理沙は霊夢を探しに、再びはく麗神社へ向かう。 ミステリーテイストに仕上げた動かない大図書館シリーズ第三作。