世界各地で偶発的に発生し始めた異常な気象現象と時同じくして、突然の異形のモノども──ガルゼレスの出現により世界は蹂躙され、文字通り全てを喰らい尽くされた。 世界の主要都市が機能不全に陥っていく中で、ガルゼレスに対抗しうる力を発現させた者たち──ノアの操者が現れ、滅亡の危機は遠のいた。しかし一方でガルゼレスが個々で独自の進化を遂げ、さらに討伐は難航し始めていた。 そんな中、国軍と同等の権力を有し、世界をも牛耳る神咲家が不穏な動きを見せているとほ情報を掴み、真相を探るべく榊 燐慟は国内最大級の軍事学園──ヒトシキ学園に入学する。