Primer Tool
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Primer Tool は、primer_seq_data フォルダ内の .seq ファイルを一括で読み込み、配列情報を一覧化して seq_summary.xlsx として出力するための軽量ツールです。 ファイル名、配列長、GC%、Tm、warning、元ファイルパスをまとめて確認できるため、研究室内でのプライマー整理や配列管理の土台として使えます。 出力される xlsx の file 列には、元の .seq ファイルへのハイパーリンクを設定しており、一覧から参照元ファイルへ戻りやすい構成になっています。 使い方はシンプルで、primer_seq_data に .seq ファイルを入れ、run_primer_tool.command を実行するだけです。 入力フォルダが空の場合でも、エラー終了せずヘッダー付きの seq_summary.xlsx を更新します。
【主な機能】
• .seq ファイルの一括読み込み • DNA主配列の抽出 • 配列長、GC%、Tm の簡易算出 • warning 列による注意フラグ表示 • 元 .seq ファイルへのハイパーリンク付き xlsx 出力 • 空フォルダでも正常更新
【想定用途】
• プライマー一覧の整理 • 配列情報の見える化 • ファイル名ベースの forward / reverse 簡易確認 • 研究室内での配列管理補助
動作環境
• macOS 想定 • Python 3 • openpyxl が必要
【現在の仕様】
• role と primer_type はファイル名ベースの簡易推定です • Tm は Wallace rule による簡易値です • pair_id / anneal_sequence / overhang_sequence の自動判定は現時点では保留中です • 最終的な確認・判断は利用者自身で行ってください
