大陸を二分する大きな戦争集結から５０年、砲撃兵器の発展により時代遅れとなった『機械巨人』は鋼鉄の闘士として見世物になっていた。 主人公の青年ヨルズはそんな機械巨人に乗り込む決闘を生業としていたが、八百長試合の持ちかけを蹴ったせいで試合を干されてしまう。 時間を持て余した彼は世話になった孤児院の院長から頼まれ、幼馴染のフェリスと共に奇妙な墓参りの旅に出る。 その先で出会ったのは、戦争で「最後の皇帝」を連れて歴史から姿を消した黒い機械巨人と美しきパイロットだった……