魔法少女暁美ほむら。彼女の魔法は鹿目まどかとの出会いをやり直すための魔法であるはずだった。 しかしながら、時間遡行で戻った世界は彼女の知る世界ではなかった。 記憶をなくしたほむらが出会ったのは、シャルロッテと名乗る不思議な金髪少女。 「あいつらの方が魔女だ。罰せられるのはあいつらの方――」 果たして、ほむらは元の世界に戻ることができるのか。シャルロッテの正体とは一体……？