Blend Mol｜Blender用 分子構造の作成・可視化アドオン Blender上で分子構造を読み込み、ボール＆スティック表示・編集・簡易UFF最適化を行えるアドオンです。 MOL／XYZ／PDB／SDFのファイル入出力に対応。SMILESから基本的な有機分子を作成し、原子・結合をBlender上で直接調整できます。 動作環境 Blender 5.2以上 Windows 10 / 11で動作確認済み・サポート対象 外部Pythonライブラリ不要 Windows版には、UFF計算の一部を高速化するDLLを同梱しています ※Windows以外の環境では高速化DLLは利用できません。アドオン本体にはPythonによる代替処理がありますが、動作確認・サポートはWindows環境を対象とします。 ※Blenderの将来バージョンでの動作は保証できません。 主な機能 分子構造のインポート MOL（V2000） XYZ PDB SDF（先頭レコード） 分子構造のエクスポート MOL（V2000） XYZ PDB SDF SMILESから基本的な有機分子を作成 原子・結合の追加、削除、元素変更、形式電荷の設定 単結合／二重結合／三重結合の編集 原子をCPKカラーのボール＆スティック形式で表示 原子位置の手動調整と表示形状のリラックス UFFによる部分的なエネルギー計算・構造最適化 選択原子を保持したまま周辺を緩和するLive UFF 固定原子、距離・角度・二面角の拘束 UFF計算結果・設定のJSONレポート出力 かんたんな使い方 1. インストール Blenderを起動します。 編集 → プリファレンス → エクステンションを取得 を開きます。 ディスクからインストール を選び、購入したZIPファイルを指定します。 3Dビューポート右側のサイドバーを開き、Blend Mol タブを選択します。 2. MOLファイルを読み込む Blend Mol タブを開きます。 Import / Export を開きます。 MOL を押して、読み込みたいMOLファイルを選択します。 分子がボール＆スティック形式で表示されます。 XYZ・PDB・SDFも同じ場所から読み込めます。 3. SMILESからベンゼンを作る例 Import / Export → Create from SMILES を選択します。 SMILES欄に以下を入力します。 c1ccccc1 実行すると、ベンゼンの基本構造が生成されます。 SMILESから生成されるのは編集用の初期配置です。精密な3Dコンフォメーション生成ツールではありません。 4. 原子を動かして周囲をなじませる例 対象分子を選択します。 必要に応じて Make Implicit Hydrogens Explicit で水素を実体化します。 Partial UFF パネルを開きます。 Minimize Partial UFF を押すと、対応範囲内で構造最適化します。 Live UFFを使う場合は、動かしたい原子を選択して Start Live UFF を押します。選択原子を動かすと、その原子を保持しつつ周辺原子を緩和します。 UFF機能について 本アドオンのUFFは、対応元素・結合状態を対象にした部分実装です。対応元素は主に以下です。 H、B、C、N、O、P、S、F、Cl、Br、I 静電相互作用は未実装です。研究・設計・教育・ビジュアル制作における補助機能としてご利用ください。計算結果を、論文・製造・安全性評価などの唯一の根拠として使用しないでください。 注意事項 PDB形式は結合次数と形式電荷を保持できません。PDBへ書き出したファイルを再読み込みすると、結合は単結合として扱われます。 XYZ形式は座標と元素情報のみの形式です。読み込み時に結合や水素は自動推定されません。 SDF読み込みは先頭の構造レコードのみ対応します。 SMILESの対応範囲は基本的な有機分子向けです。すべてのSMILES記法・錯体・高分子・複雑な立体化学には対応していません。 Blenderファイルの保存、バックアップはこまめに行ってください。 本製品はデジタル商品のため、原則として返金には対応できません。 更新について 不具合修正や機能追加を行う場合があります。更新内容はBOOTHの商品ページまたは更新履歴で案内します。